در باب آموزش دینی در دوره ابتدایی، در برنامه درسی مقرر وزارت معارف در سال 1306، آموزش درس شرعیات اسلامی برای تمام دانش آموزان مسلمان (حتی در مدارس میسیونری) اجباری و آموزش دروس مذهبی غیراسلامی به آنان ممنوع شد. مدارس، مطابق این برنامه به آموزش قرائت جزء آخر قرآن در سال دوم ابتدایی، قرائت ده جزء آخر قرآن در سال سوم و قرائت تمام قرآن در سال چهارم می پرداختند که شش ساعت در هفته به آن اختصاص مي يافت.

آموزش شرعیات نیز از سال اول ابتدایی آغاز شده و هر هفته طی یک ساعت دانش آموزان، آداب نماز و روزه، اطاعت از خدا و پیامبر و احکام شرعی را می آموختند. اصول و فروع دین، اعمال صواب و گناهان و حکمت عبادات نیز در پایه های بالاتر تدریس می شد.

از سال 1307 روخوانی تمام قرآن به شیوه مکتب خانه ای حذف شد و به جای آن آیاتی منتخب که مناسب فهم کودکان بود ترجمه گردید و به صورت کتاب درسی در اختیار دانش آموزان قرار گرفت. همچنین به جای بیان انبوهی از مطالب و احکام فرعی قرار شد معلمان تنها به تدریس آن مقدار از اصول و فروع دین بپردازند که مورد نیاز کودک باشد.

در سال 1315 برنامه جدیدی تدوین شد که تاکید می کرد شرعیات باید تنها به قدری تدریس شود که مغایر با فهم کودک نباشد و او را سردرگم نکند. همچنین معلمین در پاسخ به سوالات شرعی کودکان، به جای نقل سخنان بزرگان دینی باید به ارائه استدلال عقلی بپردازند.

به علاوه در این برنامه، آموزش شرعی برای پایه اول و دوم حذف شد و برای پایه های بالاتر از شش ساعت در هفته به یک تا دو ساعت محدود گردید. و در نهایت در سال 1319، دو درس شرعیات و قرآن به طور کامل از برنامه درسی مدارس حذف شد. و به جای آن درسی به نام اخلاق قرار گرفت که در هر پایه به توضیح اصول اخلاق فردی، خانوادگی و اجتماعی به کودکان با استفاده از داستان و بازی می پرداخت.